Os mestrados da ENIDH destinam-se à formação pós-graduada de oficiais de marinha mercante e de outros quadros para o sector dos transportes que satisfaçam os padrões de qualidade adotados internacionalmente no sector marítimo-portuário.
As aptidões e conhecimentos requeridos a estes profissionais, pela sua vastidão e especificidade, não podem ser assegurados através de uma formação ao nível da licenciatura. Importa ainda, preparar profissionais habilitados e empenhados no desenvolvimento de atividades de investigação científica no domínio dos transportes.