Os mestrados da ENIDH destinam-se à formação pós-graduada de oficiais de marinha mercante e de outros quadros para o sector dos transportes que satisfaçam os padrões de qualidade adotados internacionalmente no sector marítimo-portuário.
As aptidões e conhecimentos requeridos a estes profissionais, pela sua vastidão e especificidade, não podem ser assegurados através de uma formação ao nível da licenciatura. Importa ainda, preparar profissionais habilitados e empenhados no desenvolvimento de atividades de investigação científica no domínio dos transportes marítimos, portos e logística.
Os planos curriculares dos mestrados em Pilotagem e Engenharia de Máquinas Marítimas, obedecem aos padrões de formação estabelecidos pela Convenção STCW – International Convention on Standards of Training, Certification and Watchkeeping for Seafarers da IMO - Organização Marítima Internacional, o que garante aos seus diplomados a obtenção de certificação internacional para o exercício da sua atividade profissional em qualquer marinha mercante nacional e internacional ao nível de gestão. No caso do mestrado em Pilotagem, permite ascender à categoria profissional de capitão da marinha mercante e no caso do mestrado em Engenharia de Máquinas Marítimas, permite ascender à categoria profissional de Engenheiro Maquinista Chefe. Estes cursos são reconhecidos a nível nacional pela Administração Marítima Portuguesa – DGRM.
Deve notar-se que no sector dos transportes marítimos, quer a nível interno quer a nível internacional, o mercado de trabalho está atualmente bastante carenciado de profissionais qualificados para a marinha mercante, nomeadamente ao nível de gestão (chefias).