A ENIDH é a única instituição de ensino superior em Portugal que ministra os cursos superiores para as carreiras marítimas, nomeadamente para os Oficiais de Pilotagem, Oficiais de Engenharia de Máquinas Marítimas e Oficiais Eletrotécnicos Marítimos, cumprindo integralmente as competências exigidas pela IMO (International Maritime Organization), nomeadamente cumprindo a Convenção STCW (Standards of Training, Certification, and Watchkeeping for Seafarers), entre outras relevantes para a segurança e sustentabilidade dos oceanos. Para além destes, são ministrados cursos na área da gestão portuária e dos transportes e logística, de forma abrangente a todas as atividades relevantes para o transporte marítimo. Mais recentemente, em 2022, foi também alargada a oferta formativa à área das competências digitais, por se considerar estratégico incluir essas valências na instituição, considerando a crescente digitalização que está a ocorrer no setor marítimo e portuário. A Escola Superior Náutica Infante D. Henrique tem atualmente a seguinte oferta de cursos de Mestrado e Licenciatura e também de cursos técnicos superiores profissionais (TeSP).