Os mestrados da ENIDH destinam-se à formação pós-graduada de oficiais de marinha mercante e de outros quadros para o sector dos transportes que satisfaçam os padrões de qualidade adotados internacionalmente no sector marítimo-portuário.
As aptidões e conhecimentos requeridos a estes profissionais, pela sua vastidão e especificidade, não podem ser assegurados através de uma formação ao nível da licenciatura. Importa ainda, preparar profissionais habilitados e empenhados no desenvolvimento de atividades de investigação científica no domínio dos transportes.

As estruturas curriculares dos mestrados de Pilotagem e Engenharia de Máquinas Marítimas abrangem um conjunto de matérias específicas destinadas à obtenção de certificação internacional de Oficiais da Marinha Mercante ao nível da gestão em cumprimento da Convenção STCW da Organização Marítima Internacional.

Deve notar-se que no sector dos transportes marítimos, quer a nível interno quer no espaço comunitário, o mercado de trabalho está atualmente bastante carenciado de profissionais qualificados para a marinha mercante.