O Presidente da ENIDH é o órgão superior de governo e de representação externa da Escola, cabendo-lhe a condução política da mesma (artigo 38.º dos Estatutos - Despacho Normativo n.º 40/2008 de 18 de Agosto), bem como presidir ao Conselho de Gestão.

Eleito pelo Conselho Geral para um mandato de 4 anos, tomou posse, como Presidente da ENIDH, em 19 de setembro de 2022, o Professor Doutor Vitor Manuel dos Reis Franco Correia. Tendo sido homologada a eleição em 15 de setembro de 2022 - Diário da República n.º 179/2022, Despacho n.º 11136/2022.

O Presidente da ENIDH é coadjuvado por dois Vice-presidentes: Professor Doutor João Carlos Gomes Frade e Professor Doutor Mário Jorge Simão de Assunção.